肛肠科是我院重点建设科室之一，它包括腹部外科、胸部外科、泌尿外科、神经外科、肛肠外科等。可开展各类急性外科手术，特别是在疝气、阑尾炎及胆囊疾病方面可行腹腔镜微创手术治疗。
肛肠科医疗队伍建设有主任医师2名，副主任医师2名，主治医师2名，住院医师6名。另外还有外聘专家林杰成（原莆田市第一医院党委书记、副院长，教授、肛肠外科主任医师、硕士生导师)、吴银锁(莆田市第一医院泌尿外科主任医师)、许金尧甲状腺外科主任医师、林光畴神经外科主任医师等。
可开展各类手术，如体表肿物：脂肪瘤、皮脂腺囊肿、腱鞘囊肿等；头颅：脑外伤、脑瘤、脑出血等；胸部：肺癌、食管癌、乳腺癌、乳腺纤维瘤、乳腺脓肿等；腹部：阑尾炎、疝气、胆囊结石、胆囊息肉、胆管结石伴胆管炎、溃疡病、胃癌、肠癌、肝癌、肠粘连性肠梗阻，各种腹部外伤、脾破裂、肝破裂、胃肠穿孔等。泌尿：包皮、性病、前列腺、各种结石、肾肛肠、鞘膜、积液等。肛肠：痔疮、肛瘘、肛周脓肿等。颈部：甲亢、甲状腺肛肠。其他：大隐静脉曲张（下肢血管蚯蚓状隆起）、烧烫伤、各种晚期癌症化疗、中药治疗、营养支持治疗、镇痛治疗及临终关怀等。
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